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1.    사안의 개요

(1)   과제수행 결과평가 - 실패 BUT 성실수행 판정, 참여제한 및 출연금 환수 면제 통지

(2)   그후 특별점검에서 사업비 중 재료비의 용도 외 사용 적발, 과제관련성 불인정, 비용지출 불인정 - 3년 참여제한 및 출연금 환수조치 제재처분(1차 통지서)  

(3)   이의신청 후 환수금 납부기한 및 참여제한 일자 수정 제재조치(2차 통지서)

2.    판결 – 2차 통지서 기준 제소기한 90일 기산

(1)   제재처분 2차 통지서 – 1차와 구별되는 독립된 별개 행정처분, 불복, 취소를 구하는 항고소송 90일 제소기간은 2차 통지서 기준으로 기산함. 1차 기준일부터 90일 경과, 2차 기준으로 90일 이내 제기된 행정소송 적법함

(2)   선행처분의 내용 중 일부만을 소폭 변경하는 후행처분이 있는 경우 선행처분도 후행처분에 의하여 변경되지 아니한 범위 내에서 존속하고, 후행처분은 선행처분의 내용 중 일부를 변경하는 범위 내에서 효력을 가지지만, 선행처분의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 후행처분을 한 경우에는 선행처분은 특별한 사정이 없는 한 그 효력을 상실한다(대법원 2022. 7. 28. 선고 2021두60748 판결 등 참조).

3.    판결 – 선행 성실수행 판정 후 사업비 용도외사용 적발 시 제재 적법

(1)   원고는 이 사건 과제에 대하여 성실성검증평가를 한 결과 원고가 ’성실수행‘한 것으로 판정이 되었고, 이에 따라 참여제한 및 출연금 환수가 면제된다는 것을 통보받았으므로 이 사건 재료비가 이 사건 과제를 위하여 모두 사용한 것이 확인되었다고 주장하나,

(2)   성실성검증평가는 중소기업기술혁신법 제31조 제1항 제1호의 사유가 발생한 경우에 하는 것으로서 주로 연구개발 수행행위를 성실하게 하였음에도 불구하고 과제가 실패하였는지를 집중적으로 판단하는 것이고, 같은 항 제4호의 사유(이 사유로 행정처분을 할 경우에는 연구개발을 성실하게 수행하였다고 하여 참여제한 기간 및 환수액을 감면할 수 있는 법률의 규정이 없으므로, 성실성검증평가도 하지 않는다)에 대하여는 이 사건 출연금이 사용용도에 적합하게 사용되었는지 여부에 대해서까지 면밀한 검토가 이루어졌다고 볼 수 없다.

4.    판결 – 성실수행의 용도외사용 사업비 환수처분은 적법 BUT 3년 참여제한 처분은 지나치게 가혹, 위법

(1)   원고가 출연금을 적극적으로 횡령하거나 과제와 전혀 무관한 다른 용도로 전용한 것이 아니라, 과제와 관련된 재료를 구입하는 데에 사용하기는 하였으나 그 구입한 재료가 과제 수행에 사용되지 않아서 결과적으로 사용용도 외로 사용하게 된 것으로 보이고, 피고 역시 원고에게 사업비 부정사용의 고의가 있었던 것으로는 보이지 않는다고 평가하고 있다. 여기에다가 원고는 이 사건 과제에 대한 성실성검증평가 결과 성실수행 판정까지 받았다. 원고는 처분 이전에 피고에게 출연금을 반환하겠다는 의사를 적극적으로 피력하였다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 원고에 대한 비난 가능성이 높지 않다.

(2)   행정기본법 제18조와 제19조는, 위법 또는 부당한 처분의 취소나 적법한 처분의 철회 시에 그로 인하여 당사자가 입게 될 불이익을 그로 인하여 달성되는 공익과 비교ㆍ교량하도록 규정하고 있는데, 이는 기존의 처분이 유지될 것을 전제로 법률적, 경제적, 사회적 관계를 형성해 온 당사자에게 갑작스러운 처분의 취소 또는 철회로 인하여 불측의 손해가 발생할 우려가 있기 때문에 이를 최소화하기 위하여 특별히 둔 규정이다.

(3)   이 사건에서 원고는 피고로부터 이미 성실수행 판정을 받아 ’참여제한 및 출연금 환수 조치가 면제된다‘는 통지를 받았는데, 그로부터 1년이 지난 후에 갑작스럽게 이 사건 처분을 받게 되었는바, 이로 인하여 원고에게 불측의 손해가 발생할 우려가 있을 뿐만 아니라 원고로서는 그 사이에 소명자료가 산일됨으로써 이 사건 처분에 대한 제대로 된 방어권을 행사하기 어려웠을 수도 있다.

(4)   중소기업인 원고는 이 사건 참여제한 처분으로 인하여 3년이라는 긴 기간 기술혁신 촉진 지원사업에 참여하지 못함에 따라 중대한 손해를 입게 될 것으로 보인다. 중소기업의 기술경쟁력을 강화하기 위하여 시혜적으로 지급되는 중소기업기술혁신법 제10조에 따른 출연금이 그 목적과 용도에 따라 적정하게 지출되도록 할 공익을 감안하더라도 이 사건 참여제한 처분으로 달성할 공익이 원고가 입게 될 불이익에 비하여 크다고 할 수도 없다.

(5)   결론: 이 사건 처분 중 출연금 환수 처분은 처분사유가 인정되어 적법하고, 참여제한 처분은 재량권을 일탈·남용하여 위법하므로 취소하여야 한다

첨부: 대전지방법원 2025. 2. 13. 선고 2024구합200112 판결

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(1) 전문기관 결과 실패 및 불성실 수행 – 참여제한 및 출연금 환수 제재처분

(2) 1심 법원 – 불성실 수행 인정

(3) 2심 항소심 법원 – 불성실수행 판단 불인정 및 제재처분 취소

항소심 판결요지 – 불성실 수행 불인정 이유

피고의 최종평가위원회는 이 사건 과제를 ‘실패’로 평가하기는 하였으나, 종합평점은 성공으로 평가되는 점수인 60점에 근접한 50점으로 매겼고, 위 위원회의 종합의견은 이 사건 과제의 일부 항목 목표가 달성된 것으로 보면서도 나머지 항목의 목표달성을 자료 부족 또는 자료 해상도 문제 등으로 확인할 수 없다는 것이었다.

또한 위 위원회 평가위원 6명이 작성한 개별 평가표에 의하면, 기술개발 과정의 적정성 등 4가지 평가지표를 탁월, 우수, 보통, 미흡, 불량의 5단계로 나누어 점수를 부여하였는데, 위 4가지 평가지표 중 하나라도 불량 단계에 해당한다고 본 평가위원은 1명에 불과하고, 그 평가위원 1명조차도 나머지 평가지표 3가지 중 2가지는 보통, 1가지는 미흡 단계에 해당한다고 보았다. 이러한 점들에 비추어 볼 때, 위 평가결과를 바탕으로 이 사건 과제의 연구결과가 ‘극히 불량’하다는 결론을 도출하기는 어렵다.

피고의 성실성검증위원회 역시 이 사건 과제를 ‘실패’로 평가하기는 하였으나, 그 종합의견에는 원고들이 최종평가 및 이의신청평가 이후 신규 시험성적서를 제출하였고, 대학교에 자문을 실시하는 자체 보완활동을 하였으며, 특허출원과 매출실적을 감안할 때 사업화 성과가 인정된다는 긍정적인 요소들도 기재되어 있다.

또한 위 위원회 평가위원 6명이 작성한 개별 평가표에 의하면, 기술개발 일정의 충실한 진행 등 4가지 평가지표를 우수, 보통, 불량의 3단계로 나누어 점수를 부여하였는데, 위 4가지 평가지표 중 하나라도 불량 단계에 해당한다고 본 평가위원은 3명에 그쳤고, 그 3명의 평가위원들조차도 나머지 평가지표 3가지는 우수 내지 보통 단계에 해당한다고 보았다.

한편, 운영요령은 연구결과가 극히 불량한 경우 ‘연구개발과정을 불성실하게 수행’하였다면 참여제한 3년 및 출연금 전액 환수의 제재조치를 취하도록 하는 반면, 연구결과가 극히 불량하더라도 ‘연구개발과정은 성실하게 수행’하였다면 아무런 제재조치도 취하지 않도록 규정하고 있는바,

연구개발과정 수행의 성실성에 따라 제재조치 여부에 큰 차이가 있는 점에 비추어 볼 때  이 사건 운영요령을 적용함에 있어 연구개발 결과가 실패했다거나 그 수행과정에 ‘성실성’을 인정하기에 다소 부족함이 있었다고 해서 곧바로 이를 ‘불성실’ 수행에 해당한다고 보는 것은 부당하고,

이 사건 처분과 같은 제재조치를 하기 위해서는 그 제재조치가 정당화될 만큼의 불성실성이 충분히 입증되어야만 할 것이다.

이러한 점들에 비추어 볼 때, 위 평가결과만에 근거해서 원고들이 이 사건 과제 연구개발과정을 불성실하게 수행하였다는 결론을 도출하기는 어렵고, 그 밖에 피고가 제출한 다른 증거들에 의하더라도 이를 인정하기에는 부족하다.

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(1) 사안 – 최종 평가에서는 결과 실패만 평가 BUT 성실수행 여부는 별도로 평가하지 않았음

(2) 쟁점 - 최종 평가 이후 최종 평가에 대한 이의신청, 제재조치 통지에 대한 이의신청 등 후속 단계에서 성실수행 여부 평가를 한 것인지 여부, 그것으로 성실 수행을 별도로 평가하는 요건을 충족한 것인지 여부  

(3) 서울고등법원 판결 – 성실수행 평가 있음, 제재처분 적법 판단

서울고등법원 판결요지

(1) 전문위원회는 최종 평가에 대한 이의신청에 대하여 ‘최종 평가 결과를 미루어 볼 때 임상시험을 성실히 수행하였다고 판단하기 어려워 평가결과가 적절하다’고 심의한 사실,

(2) 제재조치 처분에 이의신청을 하면서 연구목표를 달성하기 위한 연구책임자의 노력, 연구목표를 달성하지 못한 이유, 원고 회사의 사업화 노력 등에 대한 소명자료를 제출하고 원고들의 연구수행 방법 및 과정의 성실성을 고려해야 한다고 주장하였으나,

(3) 전문위원회는 ‘제재조치에 대한 이의신청 내용이 타당하지 않다’는 이유로 원고들의 이의신청을 기각한 사실을 인정할 수 있다.

(4) 위 인정사실에 따르면 피고는 원고들의 연구수행 방법 및 과정의 성실성을 판정하여 이 사건 처분을 하였다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고들의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

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1. 사안의 개요 및 쟁점

- s/w 개발 국책과제 참여연구원 등록 및 인건비 관리 부실사안

- s/w 개발회사의 대표가 운영하는 관계회사 소속 연구원 다수가 참여연구원으로서 과제 수행 및 인건비 지급

- 참여연구권 변경 등록 등 관리 부실로 인건비 불인정

- 회사법인과 대표이사에 대한 보조금관리법 위반죄, 사기죄, 업무상 횡령죄 인정

2. 법원의 판결요지 

가. 관련 법리 – 책임여부 판단기준

(1) 보조금 관리에 관한 법률 제40조의 ‘거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법’이라 함은 정상적인 절차에 의해서는 법에 의한 보조금을 지급받을 수 없음에도 위계 기타 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위로서 보조금 교부에 관한 의사결정에 영향을 미칠 수 있는 적극적 및 소극적 행위를 뜻한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2010도14257 판결 등 참조).

또한, ‘부정한 방법으로 보조금의 교부를 받은’ 경우라 함은 보조금의 교부 대상이 되지 아니하는 사무 또는 사업에 대하여 보조금을 받거나 당해 사업 등에 교부되어야 할 금액을 초과하여 보조금을 교부 받는 것을 가리키며, 보조금을 교부 받음에 있어 다소 정당성이 결여된 것이라고 볼 여지가 있는 수단이 사용되었더라도 보조금을 교부받아야 할 자격이 있는 사업 등에 대하여 정당한 금액의 교부를 받은 경우는 여기에 해당하지 아니한다. (대법원 2014. 3. 27. 선고 2013도6886 판결)

(2) 사기죄의 요건으로서의 기망은 널리 재산상의 거래관계에 있어서 서로 지켜야 할 신의와 성실의 의무를 저버리는 모든 적극적 또는 소극적 행위를 마하는 것으로서, 반드시 법률행위의 중요 부분에 간한 허위표시임을 요하지 아니하고, 상대방을 착오에 빠지게 하여 행위자가 희망하는 재산적 처분행위를 하도록 하기 위한 파단의 기초가 되는 사실에 관한 것이면 충분하다(대법원 2004. 4. 9. 선고 2003도7828 판결 등 참조).

그러나, 사기죄는 타인을 기망하여 착오에 빠뜨리고 그 처분행위를 유발하여 재물을 교부받거나 재산상 이익을 얻음으로써 성립하는 것으로서 기망, 착오, 재산적 처분행위 사이에 인과관계가 있어야 하므로(대법원 2000. 6. 27. 선고 2000도1155 판결 등 참조), 기망의 대상은 상대방의 처분행위에 관한 의사결정에 있어 판단의 기초가 될 만한 중요한 사항이어야 한다.

나. 주관기관 및 대표의 주장요지

- 국책과제 참여연구원 등록, 인건비 지급 처리 등 행정절차에 대한 무지로 관리부실 사안

- 실제 과제수행한 참여연구원들에게 인건비 지급함

- 연구과제 수행으로 받은 보조금보다도 더 많은 인건비와 외주 용역비를 지출하였고, 개인적으로 유용한 사실 없음

다. 법원의 판단 – 피고인의 방어주장을 받아들이지 않고 형사책임 인정

실제 연구에 참여하였다고 주장하는 직원 20명 중 7명이 피고인 회사, 12명이 자회사, 1명이 AH소속이고 참여연구원은 피해자의 승인없이 피고인 회사가 실시 한 연구비관리시스템(RCMS)에 변경된 참여연구원을 입력하여 변경할 수 있는데도 피고인 회사는 실제 연구에 참여했다는 피고인 회사 소속 직원들도 위 시스템에 입력하지 않은 점, 피고인 회사가 보조금을 청구하면서 첨부한 증빙에 실제 연구를 담당하지 않은 연구원들이 포함되어 있는 것을 알았다면 피해자가 인건비에 해당하는 보조금을 지급하지는 않았을 것인 점, 피고인들은 위 연구과제 수행에 피해자로부터 수령한 보조금보다도 많은 인건비와 외주 용역비를 지출하였다고 주장하고 그에 부합하는 증거도 제출하였으나 피고인들이 제출한 증거는 모두 피고인들 측에서 작성한 것으로서 그 적정성을 확인할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고인 회사가 연구에 참여하지 않은 피고인 회사 직원들 인건비 명목의 보조금을 수령한 행위를 단순히 보조금 행정상의 절차 위반이라거나 피해자의 보조금 교부에 영향을 미치지 않았다고 보기 어려워 피고인들의 주장을 받아들이지 아니한다.

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1. 사안의 개요

(1)   협약상 지위: 원고회사 – 공동연구기관, G 회사 – 협동연구기관

(2)   원고 회사의 2차년도 과제 수행과 관련한 G 및 원고 회사의 협업은 ‘차체 등 단면도 제작(G회사 담당) à 압출재 상세 설계(원고회사 담당) à 협의 및 수정을 통한 압출재 상세 설계 승인(G회사 담당) à 압출재 금형 설계, 제작(원고회사 담당) à 압출재 시제품 생산 및 소재 특성 평가(원고회사 담당)’의 순서로 수행 계획

(3)   G 회사의 단면도 제공 지연으로 원고 회사의 과제 수행 지연 및 목표 미달성 발생

(4)   원고회사에 대해 결과 실패 및 불성실 수행 평가, 참여제한 및 출연금 환수 제재처분

2. 서울행정법원 판결요지 – 원고회사 책임 불인정 

구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 등에서 ‘귀책사유’ 등의 문구를 찾아볼 수는 없다. 그러나 자기책임원칙은 자기결정권의 한계논리로서 책임부담의 근거로 기능하는 동시에 자기가 결정하지 않은 것이나 결정할 수 없는 것에 대하여는 책임을 지지 않고 책임부담의 범위도 스스로 결정한 결과 내지 그와 상관관계에 있는 부분에 국한됨을 의미하는 책임의 한정원리로도 기능한다.

이러한 자기책임원칙은 민사법이나 형사법에 국한된 원리 라기보다는 근대법의 기이념으로서 법치주의에 당연히 내재하는 원리로 볼 것이고, 자기책임원칙에 반하는 제재는 그 자체로 법치주의 위반으로서 헌법위반을 구성한다. 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 등에도 이러한 자기책임원칙은 당연히 내재되어 있다고 보아야 한다.

연구개발의 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제로 결정된 국가연구개발사업 과제에 참여한 기관 등이라 하더라도 그 책임을 자신에게 돌릴 수 없음을 증명함으로써 참여제한 등 제재처분에서 벗어날 수 있다고 해석함이 타당하다.

3. 서울고등법원 판결요지 – 원고회사 면책 이유

국가연구개발사업에 따른 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우에 참여 기관 및 연구책임자에 대한 국가연구개발사업의 참여제한 여부 및 출연금의 환수 여부는 관할 행정청의 재량에 속한다.

다만, 다만 재량을 행사할 때 판단의 기초가 된 사실인정에 중대한 오류가 있는 경우 또는 비례 평등의 원칙을 위반하거나 사회통념상 현저하게 타당성을 잃는 등의 사유가 있다면 이는 재량권이 일탈 남용으로서 위법하다고 보아야 한다.

참여제한 및 출연금 환수에 관한 법령의 규정 체계 및 내용, 연구개발의 결과가 극히 불량한 경우에도 그 연구개발과정에서 수행의 성실 여부에 따라 제재의 정도에 차이를 두고 있는 점 등을 고려할 때, ‘연구개발과정의 성실 수행 여부’와 ‘연구개발 결과의 극히 불량 여부’는 별도로 판단하여야 하고, 연구개발의 결과가 극히 불량하다는 점이 인정된다고 하여 연구개발과정의 불성실 수행이 추정되는 것은 아니다.

공동연구기관인 원고 회사가 협동연구기관인 G과 협력하여 공동으로 이 사건 세부과제를 수행할 의무가 있다고 하더라도, 이 사건 세부과제의 수행을 주관하는 협동연구기관의 주된 책임으로 인하여 이 사건 세부과제의 수행이 중단된 경우라면, 원고들 입장에서는 이 사건 세부과제의 중단은 국가연구개발사업 관리규정 제27조의2 제2호가 정하고 있는 ‘외부요인에 따라 목표를 달성하지 못한 경우’에 해당한다고 볼 여지가 충분하다.

이처럼 이 사건 세부과제 수행에 차질을 빚게 된 주된 사유는 G이 관련 단면도의 제공을 지체한 것에 기인하는데, 이는 원고들의 입장에서는 외부적 요인에 해당한다고 봄이 상당한데도, 원고에 대하여 이 사건 세부과제 수행이 불성실하였다고 판단하는 것은 부당하고, 그와 같은 판단을 전제로 하여 참여제한 처분을 하는 것은 그 책임의 정도에 비추어 불이익을 가하는 것이어서 비례의 원칙에도 어긋나며, 연구책임자들의 활동의 위축을 가져와 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화하려는 과학기술기본법의 입법취지에도 반할 우려가 있다.

이 사건 세부과제에 관하여 원고 회사에게 ‘불성실실패’의 책임이 있는 것으로 인정하여 원고 회사에 대한 2차년도 출연금 전액에 대하여 환수처분을 한 것은 처분사유에 관한 사실인정을 일부 그르치고, 그 처분으로써 달성하고자 하는 공익에 비하여 이로 인하여 원고 회사가 입게 되는 불이익이 지나치게 커서 비례의 원칙에도 반하여 재량권의 범위를 벗어나거나 재량권을 남용한 경우에 해당한다.

첨부: 서울고등법원 2019. 12. 24. 선고 2018누36440 판결

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