(1) 원칙적으로 상표사용자는 상표권자에게 상표사용료를 지급해야 한다.
(2) 그러나, 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧바로 그 행위가 경제적 합리성을 결여하였다고 단정할 것은 아니다.
(3) 구체적으로, 상표권 사용의 법률상·계약상 근거 및 그 내용, 상표권자와 상표 사용자의 관계, 양 당사자가 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련하여 수행한 기능 및 그 기능을 수행하면서 투여한 자본과 노력 등의 규모, 양 당사자가 수행한 기능이 상표를 통한 수익 창출에 기여하였는지 여부 및 그 정도, 해당 상표에 대한 일반 수요자들의 인식, 그 밖에 상표의 등록·사용을 둘러싼 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 상표권자가 상표권 사용료를 지급받지 않은 행위가 과연 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부를 판단하여야 한다.
(4) 이 사건 제1상표의 경우 한국 롯데리아(상표 사용 회사법인)가 이를 영업에 사용하면서 그 관리에 필요한 비용을 직접 지출하여 온 반면, 원고(상표등록권자, 지주회사)는 이 사건 상표를 등록한 이후에도 이를 영업에 사용하거나 가치를 높이기 위한 노력을 하지 않았고, 이 사건 상표가 가지는 재산적인 가치는 대부분 한국 롯데리아에 의하여 형성되었다는 등 그 판시와 같은 이유로, 원고가 이 사건 과세기간 동안 한국 롯데리아로부터 이 사건 상표에 대한 상표권 사용료를 지급받지 않은 것이 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위로서 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않는다.
(5) 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조).
(6) 상표권자 원고가 이 사건 경영관리계약에 따라 이 사건 상표사용 회사법인으로부터 지급받은 경영관리수수료에는 이 사건 상표에 대한 상표권 사용료가 포함되어 있다고 봄이 상당하므로, 원고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 제2상표에 대한 상표권 사용료 명목의 금원을 별도로 지급받지 않은 것이 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위로서 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않는다.
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