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서울고등법원 판결요지

이 사건 1차 통보 및 2차 통보는 모두 3년간의 참여제한처분 및 출연금 전액에 대한 환수처분이기는 하다. 그러나 이 사건 1차 통보는 유의사항에서 ‘참여제한기간은 이의신청 마감일 다음날부터 적용됩니다.’ ‘위 처분에 대하여 이의가 있는 경우, 귀하는 우리 원 이의신청 절차에 따라 이의신청을 할 수 있으며, 이의신청 시 명기된 제재기간은 변경될 수 있습니다’라고 명시하고 있다. 위 내용에 의하면 이의신청 여부에 따라 참여제한기간의 시기가 달라질 수 있고, 이의신청 내용에 따라 제재기간이 변경될 수 있다고 하여 처분의 성립시기 및 내용이 불확정적인 것임을 인정할 수 있다. 그렇다면 이 사건 1차 통보가 아닌 이 사건 2차 통보에 의하여 원고들의 지위가 최종적으로 변동되는 것이라 볼 수 있다.

피고는 이 사건 1차 통보 이후 원고들로부터 이의신청을 받자 구 중소기업기술개발 지원사업 운영요령(중소기업청 고시 2014-47호, 이하 같다) 제39조에 따라 평가위원회를 별도로 구성 개최하여 처분사유 및 양정에 관하여 다시 심의하였다. 피고는 그 심사결과로서 원고들에게 단순히 이의신청을 받아들이지 않는다는 취지를 통보한 것이 아니라, 이 사건 1차 통보의 경우와 비교하여 처분의 제목, 과제, 당사자, 처분의 이유, 심의결과 등이 동일한 형식으로 이 사건 2차 통보를 하였다.

이처럼 피고는 이 사건 2차 통보를 함에 있어서 별도의 평가위원회를 개최하여 원고들의 이의신청 내용을 기초로 처분의 사유를 새롭게 심사하였는바, 원고들에 대한 법률관계를 이 사건 2차 통보에 의하여 규율한 것으로 봄이 타당하다.

이 사건 1차 통보의 구체적인 내용은 ‘참여제한기간 2019. 3. 4. ~ 2022. 3. 3., 환수금액 159,497,028원, 납부기한 2019. 3. 17.’인반면, 이 사건 2차 통보의 구체적인 내용은 ‘참여제한기간 2019. 6. 3. ~ 2022. 6. 2., 환수금액 159,497,472원, 납부기한 2019. 6. 14.’로 참여제한기간, 환수금액 및 납부기한이 변동되는 효과가 새롭게 발생하였으므로, 이 사건 2차 통보는 원고들의 권리 의무 등 법률관계에 변동을 가져오는 것이라고 볼 수 있다.

특히 납부기한이 부여된 경우 그 납부기한이 환수금 납부의무의 이행기가 되므로, 환수금을 납부할 의무가 있는 자는 그 기한의 이익을 누릴 수 있는 것인데(민법 제153조 참조), 이 사건 2차 통보로 인하여 납부기한이 연기됨으로써 원고들의 법률관계에 변동이 초래된 것으로 인정할 수 있다.

이 사건 1차 통보만을 항고소송의 대상이 되는 처분으로 보는 경우, 원고들로서는 이의신청을 제기하고 결과를 기다리는 동안 자칫 제소기간 도과로 인한 불이익을 입을 염려가 있고, 따라서 제소기간 만료가 임박할 때까지 행정청의 응답이 없는 경우 그러한 상태에서 별도의 행정쟁송에 나서야만 적법할 것인데, 그 별도의 행정쟁송 도중 이의신청이 인용됨에 따라 처분의 내용이 변경되는 경우 해당 쟁송의 이익이 없게 되어 부적법해지거나, 이의신청이 일부 인용되었음에도 원고들에게 불이익이 남아있는 때에는 다시 처분변경으로 인한 청구의 변경을 거쳐야만 한다. 이러한 과정이나 결과를 낳게 하는 것은 법률관계의 혼란을 초래하고 국가의 위법, 부당한 처분으로부터 국민을 구제한다는 행정쟁송의 기본이념에 맞지 않는 것이므로 결국 이의신청 이후의 처분을 별도의 처분으로 취급하여 다투어야 할 현실적 필요성이 크다.

첨부: 서울고등법원 2020. 10. 22. 선고 2020누35235 판결

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대법원 2017. 5. 11. 선고 2014두8773 판결

행정법규 위반에 대한 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로, 반드시 현실적인 행위자가 아니라도 법령상 책임자로 규정된 자에게 부과되고, 특별한 사정이 없는 한 위반자에게 고의나 과실이 없더라도 부과할 수 있다.

대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두24371 판결

행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로, 위반자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그것을 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 등의 특별한 사정이 없는 한 위반자에게 고의나 과실이 없다고 하더라도 부과될 수 있다.

대법원 2014. 12. 24. 선고 2010두6700 판결

행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의·과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우까지 부과할 수 있는 것은 아니다(대법원 1976. 9. 14. 선고 75누255 판결, 대법원 2003. 9. 2. 선고 2002두5177 판결 등 참조).

서울고등법원 2016. 12. 15. 선고 2016누44508 판결

행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 반드시 현실적인 행위자가 아니라도 법령상 책임자로 규정된 자에게 부과되고 특별한 사정이 없는 한 위반자에게 고의나 과실이 없더라도 부과할 수 있는 것인바(대법원 2012. 5. 10. 선고 2012두1297 판결 참조), 위 원고들이 내세우는 사유를 위 특별한 사유로 볼 수 없는 점, 행정 제재사유가 있어 제재처분을 하는 경우 어떠한 처분을 할 것인지는 제재권자의 재량에 맡겨진 것이고, 다만 제재권자가 그 재량권의 행사로서 한 제재처분이 사회통념상 현저하게 타당성을 잃어 제재권자에게 맡겨진 재량권을 남용한 것이라고 인정되는 경우에 한하여 그 처분을 위법한 것이라 할 것이고, 제재처분이 사회통념상 현저하게 타당성을 잃었다고 하려면 제재의 원인이 된 위반사실의 내용과 성질, 제재에 의하여 달성하려고 하는 행정목적, 제재 양정의 기준 등 여러 요소를 종합하여 판단할 때에 그 제재 내용이 객관적으로 명백히 부당하다고 인정할 수 있는 경우라야 할 것이다(대법원 2002. 9. 24. 선고 2002두6620 판결 등 참조).

서울고등법원 2014. 11. 26. 선고 2014누41635 판결

행정법규 위반에 대한 제재조치는 행정목적의 달성을 위해 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안해서 가하는 제재이므로, 위반자에게 의무 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 있는 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 없는 한 위반자에게 고의나 과실이 없더라도 부과될 수 있다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두24371 판결 등 참조).

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1. 기본 법리

(1) 국가연구개발 사업비 정산금 반납채무는 국가인 피고에 대한 채무로서 금전의 급부를 목적으로 하는 것이므로, 그 소멸시효는 구 국가재정법 제96조 제3항, 민법 제166조 제1항에 따라 피고가 이 사건 반납채권을 행사할 수 있는 때로부터 진행하고, 소멸시효기간은 구 국가재정법 제96조 제1항에 정한 5년이다.

(2) 소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하고 그 권리를 행사할 수 있는 때부터 진행하고, 그 권리를 행사할 수 없는 동안은 진행하지 아니한다.

(3) 여기서 ‘권리를 행사할 수 없는 경우’라 함은 그 권리행사에 법률상의 장애사유, 예컨대 기간의 미도래나 조건불성취 등이 없는 경우를 말하는 것이고, 권리행사를 하는 것이 사실상 곤란하였다는 등의 사유는 그에 해당하지 아니한다.

2. 한국연구재단 과제의 연구비 지출 불인정 및 정산금 반환청구 사안 – 이의신청 기간 만료 후 반환청구권 행사 가능, 소멸시효 기산

(1) 과제에 관한 부당하게 집행된 연구개발비에 대하여 민사상 부당이득의 반환이나 불법행위를 원인으로 한 손해배상을 전제로 한 채무가 아니라, 과제에 관한 연구개발과제 표준협약서와 위 관련 규정에 따라 연구개발과제의 수행이 종료된 이후 연구개발비의 정산결과 환수 내지 회수되어야 할 부당하게 집행된 금액에 관한 채무인 점,

(2) 규정에서 정한 부당하게 집행된 연구개발비의 구체적인 정산절차, 위 관련 규정에서 부당하게 집행된 연구개발비를 회수하는 경우에 관련자에게 소명할 기회를 부여하는 등 이의신청 절차를 거치도록 한 것은 반납채권을 행사하는 데 대한 법률상의 장애사유로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면,

(3) 과제와 관련하여 부당하게 집행된 연구개발비(학생인건비)를 검토, 확인하였다는 사정만으로 곧바로 반납채권을 행사할 수 있었다고 볼 수 없고, 원고로부터 과제에 관한 연구개발비의 사용실적 보고를 받은 후 위 관련 규정에 따라 부당하게 집행된 연구개발비(학생인건비)의 정산절차를 마친 때,

(4) 즉 한국연구재단의 사업비정산팀에서 사용실적 보고를 검토하여 부당하게 집행된 연구개발비(학생인건비)를 확인하고, 그 연구개발비의 회수 등 제재조치 계획(안)에 대한 제재조치평가단의 심의를 거쳐 소관 중앙행정기관의 장에 대한 보고와 승인을 받은 후, 구 사업처리규정 제24조 제1항에 따라 관련자인 원고에게 연구개발비 환수에 대하여 소명 기회를 부여하고 그 이의신청 기간인 2016. 3. 30.이 지난 후에야 비로소 이를 행사할 수 있다고 봄이 타당하다.

3. 연구비 부당집행 정산처리 관련 규정 및 절차

(1) 과제 연구개발과제표준협약서 제6조 제4항은 ‘연구개발비 잔액과 부당집행분의 회수 및 사용에 관한 구체적인 사항’은 공동관리규정, 시행규칙 및 처리규정에 따르도록 규정

(2) 공동관리규정 제11조에서는 주관기관의 장은 협약기간 종료 후 3개월 이내에 연구개발비의 사용실적을 중앙행정기관의 장 또는 전문기관의 장에게 보고하여야 하며(제1항), 중앙행정기관의 장 등은 연구개발비 집행의 적절 여부를 확인하기 위하여 연구개발비를 정산하여야 하고, 연구개발비의 사용실적을 보고받은 전문기관의 장은 보고내용에 대한 검토결과와 연구개발비 정산결과를 중앙행정기관의 장에게 보고하여야 하며(제2, 3항), 중앙행정기관의 장은 연구개발과제의 수행이 종료된 후에 연구개발비 사용잔액이 있거나 연구개발비 정산결과 부당하게 집행한 금액이 있는 경우에는 이를 회수하도록 규정하고(제4항), 연구개발비의 사용잔액과 부당 집행한 금액의 회수에 관한 구체적인 사항은 교육과학기술부령에서 정하도록 위임하고 있다(제6항).

(3) 위임에 따른 구 사업처리규정 제24조에서 ‘공동관리규정 제11조 제3항에 따라 연구개발비를 회수하고자 할 경우‘ 관련자에게 15일 이내의 기간을 정하여 소명할 기회를 부여하여야 하고, 기한 내에 소명이 없으면 이견이 없는 것으로 간주하며(제1항), 주관연구기관의 장은 연구개발비 사용잔액이 발생하거나 정산결과 부당하게 집행한 금액이 있을 경우 특별한 사유가 없는 한 지정한 계좌에 입금하도록 규정하고 있다(제2항).

4. 감사원 감사결과 후속조치와 소멸시효 기산일 관계  

한국연구재단은 감사원의 감사결과에 따라 후속 조사를 실시하고, 한국연구재단의 연구비정산팀에서 2015. 9. 24.경 과제와 관련하여 연구비 용도 외로 부당하게 집행된 이 사건 학생인건비를 검토, 확인하였다고 하더라도, 위 연구비정산팀의 검토, 확인은 관련 규정에 따라 정산하기 위한 하나의 과정에 불과하고, 위와 같은 사정만으로 피고가 이 사건 반납채무의 존재를 알았다거나 위 반납채무에 대한 정산절차를 마쳤다고 할 수도 없으므로, 피고가 2015. 9. 24.경부터 원고에게 이 사건 반납채권을 행사할 수 있었다고 볼 수 없다.

5. 정산금 반납기한과 소멸시효 기산일 관계 

피고가 원고에게 이 사건 학생인건비를 2016. 3. 31.까지 반납하도록 하였음을 근거로 이 사건 반납채무의 소멸시효는 2016. 4. 1.부터 진행한다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 학생인건비의 반납기한은 피고가 원고에게 이 사건 반납채무의 이행을 최고하면서 채무이행의 기한, 즉 이행지체의 기준시점을 정한 것에 불과하므로, 그러한 사정만으로 피고가 이 사건 반납채권을 행사하는 데 법률상의 장애가 있었다고 볼 수 없어, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

첨부: 서울고등법원 2022. 5. 11. 선고 2021누68287 판결

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1. 변경승인 관련 실무적 쟁점 및 유의사항 - 서울고등법원 2017. 10. 18. 선고 2016누78167 판결

실무상 국책과제의 사업목표 또는 연구계획의 변경에 관한 분쟁이 자주 있습니다. 보통 1차년도 사업결과를 보고 최초 설정한 과제의 목표를 달성하는 것이 현실적으로 불가능하다고 판단되는 경우, 2차년도 또는 그 이후 차년도 연구개발 목표를 현실적 수준으로 변경하는 과정에서 분쟁이 발생합니다.

연구책임자가 전문기관이나 주관기관 담당자와 상의했다고 하더라도 정신 승인절차를 거치지 않고 단독으로 변경하면 위법합니다.

실무상 쟁점은 연구책임자가 주관기관이나 참여기관은 물론 전문기관의 간사 등 실무 담당자와 회의, 구두협의, 이메일 등으로 사업목표를 변경할 수 밖에 없는 사정을 설명하는 과정을 거쳐 변경에 대해 어느 정도 동의를 얻었다고 믿는 경우에 있습니다. 연구자는 그와 같은 실무협의 과정을 통해 연구개발 목표 변경에 관한 양해를 받았다고 믿고 변경된 목표를 전제로 연구개발을 진행하는 경우가 있습니다. 통상 그 결과는 최초 사업목표에 무관하거나 결과 미달하지만 변경된 목표는 달성하는 경우가 많습니다.

결론부터 말씀드리면, 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 경우에도 원칙적으로 적법한 목표변경으로 인정받기 어렵습니다. 결과실패, 불성실 수행으로 참여제한 및 사업부환수라는 제재처분을 받을 가능성이 높기 때문에 연구책임자는 이점에 각별히 유의해야 합니다.

국가연구개발사업 관련 법령과 사업협약서에서 국가연구개발사업의 사업목표 또는 내용의 변경에 대한 상당히 엄격한 규정을 두고 있습니다. 위 판결에서 판시한 것처럼 연구목표의 변경이 필요한 사정이 있더라도, 연구목표 및 내용 변경에 관한 법령과 협약서에서 정한 절차를 따르지 않았다면 적법한 변경으로 인정하지 않습니다. 실무상 상당히 엄격하게 판단한다고 보아야 할 것입니다.

주관기관에서 전문기관에 목표 변경요청서를 제출해야 하고, 이때 목표의 변경 전후 비교표 및 세부내역을 상세하게 기재한 서류를 변경승인요청서와 함께 제출해야 합니다. 전문기관의 담당간사 등 실무담당자와 전화, 회의, 또는 이메일로 설명한 것으로는 부족합니다. 특히 아래 판결사안은 연구자가 전문기관에 연구개발 목표가 변경된 사업계획서를 송부했다는 사정이 있었음에도 서울고등법원은 적법한 단계목표의 변경으로 인정하지 않았습니다.

2. 국책과제 진행 중 보완대책회의에 따라 사업계획 변경 BUT 전담기관의 승인 서면 없는 상황 - 사업계획 변경 불인정: 서울행정법원 2018. 4. 20. 선고 2017구합69748 판결

가. 사업계획 변경절차 및 실무상 쟁점

최초 사업계획서 내용대로 잘 진행되지 않는 경우 사업계획 변경여부가 문제됩니다. 사업계획서 변경은 협약변경에 해당하므로 실무상 매우 중요합니다. 통상 전문기관의 사전 승인을 요건으로 정하고 있습니다.

사전 승인을 반드시 서면으로 받아야 한다는 규정은 없습니다. 평가회의, 대책회의 등 회의 석상에서 구두로 논의된 사항, 전문기관 담당자와 전화로 협의한 사항, 또는 이메일 등으로 주고 받은 사항 등이 사업계획의 변경으로 인정되는지 쟁점입니다.

입증의 문제에 해당하지만, 구체적 사안에서 연구책임자가 주장하는 사업변경으로 인정된 사례는 거의 없습니다. 판결사안도 마찬가지로 법원은 다음과 같이 사업계획의 변경으로 인정하지 않았습니다.

나. 주관연구기관의 주장요지

보완대책회의에서 피고의 평가위원장과 평가위원들이 원고의 대표자 G과 총괄책임자 F, H에게 3차년도 과제에 풍력발전기 시스템 개발을 추가하여 진행하라고 강요하였다. 위 회의가 끝난 직후 피고 소속 담당자 I은 원고 소속 연구원 J에게 전화하여 풍력발전기 시스템 개발을 추가하여 진행하지 않으면 3차년도 과제 진행을 중단시키겠다고 말하였다. 이와 같은 피고의 강요에 의해 원고는 3차년도 과제에 풍력발전기 시스템 개발을 추가하여 진행할 수밖에 없었다.

원고는 피고의 강요로 3차년도 과제에 풍력발전기 시스템 개발이 추가되었다고 신뢰하여 이를 수행하였다. 그런데 피고는 최종 평가에서 풍력발전기 시스템 개발에 대해서는 평가하지 않고 오히려 당초 과제였던 무단변속기 기어박스 개발에 대해서만 평가한 후 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 원고의 신뢰를 현저히 침해한 것으로 위법하다.

피고의 강요에 의해 3차년도 과제에 풍력발전기 시스템 개발이 추가되면서 그 성능평가를 위해 한국에너지기술연구워 E센터에 풍력발전기 시스템을 설치해야 했고, 이에 따른 추가 비용이 발새아였다. 그런데 피고는 원고의 요청에도 불구하고 정부출연금을 추가로 지급해 주지 않았다. 이에 원고는 당초 과제인 무단변속기 기어박스 개발과 추가 과제인 풍력발전기 시스템 개발을 모두 수행할 여력이 없었다. 결국 한국에너지기술연구원 E센터에 풍력발전기 시스템을 설치하는 데는 성공하였으나 무단변속기 기어박스의 정량적 목표는 일부 달성하지 못하였다. 피고가 풍력발전기 시스템 개발을 추가로 진행할 것을 강요하였음에도 별다른 추가 지원을 하지 않고 오히려 무단변속기 기어박스의 정략적 목표 달성 여부에 대해서만 최종 평가를 하여 이 사건 처분을 한 것은 재량권을 일탈, 남용한 것으로 위법하다.

다. 서울행정법원 판단요지

이 사건 과제의 2차년도 연차평가의 재평가에 따른 보완대책회의가 이루어질 무렵에 피고의 평가위원장과 평가위원들 및 피고 소속 담당자 I이 원고의 대표자 G과 총괄책임자 F, H에게 3차년도 과제에 풍력발전기 시스템 개발을 추가하여 진행하라고 강요하였다는 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제6, 29, 31, 33, 36호증의 각 기재 및 증인 H의 증언은 믿기 어렵고, 원고가 제출한 나머지 증거들만으로는 위 주장 사실을 인정하기에 부족하다.

즉, 사업계획서, 평가회의 종합검토의견 등 공적 서류에는 변경내용 및 승인에 관련된 내용이 전혀 없다는 점을 중시한 것입니다.

라. 실무적 포인트

(1) 국가연구개발사업의 성공, 실패여부는 사업사업계획서 기재내용 기준으로 평가하여 판단함

(2) 사업의 진행 중 연구개발내용의 변경이나 평가항목의 변경 등은 전담기관의 사전 승인을 받아야 한다고 규정.

(3) 관련 법령이나 협약서에 사업계획의 변경을 반드시 서면승인을 받아야 한다는 규정은 없음.

(4) 그러나 실무상 변경 승인 서면이 없는 경우 대부분 변경 승인으로 인정하지 않음

(5) 회의석상의 논의사항, 전문기관 담당자와 협의한 정도로는 사업계획의 변경이나 평가항목의 변경에 관한 전문기관의 사전 승인으로 인정되지 않음.    

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(1)   쟁점 : 원고가 행정소송법상 항고소송으로 제기하여야 할 사건을 민사소송으로 잘못 제기하여 사건이 관할법원에 이송된 뒤 항고소송으로 소 변경을 한 경우, 항고소송에 대한 제소기간 준수 여부의 판단 기준 시점

(2)   대법원 판결요지 : 항고소송에 대한 제소기간의 준수 여부는 원칙적으로 처음에 소를 제기한 때를 기준으로 하여야 한다. 소 변경 시를 기준으로 제소기간 준수 여부를 판단한 원심 판결을 파기, 환송함

(3)   판결이유 : 행정소송법 제8조 제2항은 “행정소송에 관하여 이 법에 특별한 규정이 없는 사항에 대하여는 법원조직법과 민사소송법 및 민사집행법의 규정을 준용한다”라고 규정하고 있고, 민사소송법 제40조 제1항은 “이송결정이 확정된 때에는 소송은 처음부터 이송받은 법원에 계속된 것으로 본다”라고 규정하고 있다. 한편 행정소송법 제21조 제1항, 제4항, 제37조, 제42조, 제14조 제4항은 행정소송 사이의 소 변경이 있는 경우 처음 소를 제기한 때에 변경된 청구에 관한 소송이 제기된 것으로 보도록 규정하고 있다. 이러한 규정 내용 및 취지 등에 비추어 보면, 원고가 행정소송법상 항고소송으로 제기하여야 할 사건을 민사소송으로 잘못 제기한 경우에 수소법원이 그 항고소송에 대한 관할을 가지고 있지 아니하여 관할법원에 이송하는 결정을 하였고, 그 이송결정이 확정된 후 원고가 항고소송으로 소 변경을 하였다면, 그 항고소송에 대한 제소기간의 준수 여부는 원칙적으로 처음에 소를 제기한 때를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1984. 2. 28. 선고 83다카1981 전원합의체 판결, 대법원 2013. 7. 12. 선고 2011두20321 판결 등 참조).

첨부: 대법원 2022. 11. 17. 선고 2021두44425 판결

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