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(1)   타인으로부터 용도가 엄격히 제한된 자금을 위탁받아 집행하면서 제한된 용도이외의 목적으로 자금을 사용하는 것은 그 사용이 개인적인 목적에서 비롯된 경우는 물론 결과적으로 자금을 위탁한 본인을 위하는 면이 있더라도 사용행위 자체로서 불법영득의 의사를 실현한 것이 되어 횡령죄가 성립하므로, 결국 사립학교의 교비회계에 속하는 수입을 적법한 교비회계의 세출에 포함되는 용도, 즉 해당 학교의 교육에 직접 필요한 용도가 아닌 다른 용도에 사용하였다면 사용행위 자체로서 불법영득의사를 실현하는 것이 되어 그로 인한 죄책을 면할 수 없다(대법원 2008. 2. 29. 선고 2007도9755 판결, 대법원 2012. 5. 10. 선고 2011도12408 판결 등 참조)

(2)   원심 판결의 무죄 요지: ① 이 부분 소송비용은 모두 법인회계에서 지출되어야 하는 경비일 뿐 사립학교법 시행령 제13조 제2항 제1호(학교운영에 필요한 인건비 및 물건비), 같은 항 제5호(기타 학교교육에 직접 필요한 경비)가 정한 교비회계 세출항목에 해당하는 경비라고 할 수 없으므로, 소송비용을 교비회계에서 지출한 것은 사립학교법 제29조 제6항 위반행위를 구성한다고 보아 사립학교법위반의 공소사실을 유죄로 인정하면서도, ② 피고인의 소송비용 지출행위로 이 사건 학교법인 본인이 아닌 피고인이나 제3자가 경제적 이익을 얻었다고 할 수 없고 피고인이 이 사건 학교법인 본인을 위하여 교비회계에 속한 수입금을 전용하였다고 볼 수 있는 이상 그 전용행위 자체만으로 곧바로 불법영득의사를 실현하는 횡령행위가 된다고 볼 수 없다는 등의 이유로 업무상횡령의 공소사실은 무죄로 판단하였다.

(3)   대법원 유죄 판결요지: 피고인이 사립학교법령에 따라 용도가 엄격히 제한된 교비회계 자금을 위탁받아 집행하면서 학교교육에 직접 필요한 용도가 아닌 다른 용도에 사용한 것이 분명하다. 이러한 피고인의 행위는 사립학교법령이 교비회계의 다른 회계로의 전용을 금지하고 있는 법적․정책적 목적을 훼손하는 것이자 ‘교비회계 자금은 대학의 학교교육과 직접 관련된 세출항목에 한하여 지출하여야 한다’는 이 사건 학교법인 본인의 위탁취지에 반하는 것으로서 그 사용이 개인적인 목적에서 비롯된 것이 아니고 결과적으로 자금을 위탁한 이 사건 학교법인 본인을 위하는 면이 있더라도 사용행위 자체로서 불법영득의 의사를 실현한 것이 되어 업무상횡령죄가 성립한다고 봄이 타당하다.

첨부: 대법원 2025. 3. 13. 선고 2023도12436 판결

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1.    사안의 개요

(1)   과제수행 결과평가 - 실패 BUT 성실수행 판정, 참여제한 및 출연금 환수 면제 통지

(2)   그후 특별점검에서 사업비 중 재료비의 용도 외 사용 적발, 과제관련성 불인정, 비용지출 불인정 - 3년 참여제한 및 출연금 환수조치 제재처분(1차 통지서)  

(3)   이의신청 후 환수금 납부기한 및 참여제한 일자 수정 제재조치(2차 통지서)

2.    판결 – 2차 통지서 기준 제소기한 90일 기산

(1)   제재처분 2차 통지서 – 1차와 구별되는 독립된 별개 행정처분, 불복, 취소를 구하는 항고소송 90일 제소기간은 2차 통지서 기준으로 기산함. 1차 기준일부터 90일 경과, 2차 기준으로 90일 이내 제기된 행정소송 적법함

(2)   선행처분의 내용 중 일부만을 소폭 변경하는 후행처분이 있는 경우 선행처분도 후행처분에 의하여 변경되지 아니한 범위 내에서 존속하고, 후행처분은 선행처분의 내용 중 일부를 변경하는 범위 내에서 효력을 가지지만, 선행처분의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 후행처분을 한 경우에는 선행처분은 특별한 사정이 없는 한 그 효력을 상실한다(대법원 2022. 7. 28. 선고 2021두60748 판결 등 참조).

3.    판결 – 선행 성실수행 판정 후 사업비 용도외사용 적발 시 제재 적법

(1)   원고는 이 사건 과제에 대하여 성실성검증평가를 한 결과 원고가 ’성실수행‘한 것으로 판정이 되었고, 이에 따라 참여제한 및 출연금 환수가 면제된다는 것을 통보받았으므로 이 사건 재료비가 이 사건 과제를 위하여 모두 사용한 것이 확인되었다고 주장하나,

(2)   성실성검증평가는 중소기업기술혁신법 제31조 제1항 제1호의 사유가 발생한 경우에 하는 것으로서 주로 연구개발 수행행위를 성실하게 하였음에도 불구하고 과제가 실패하였는지를 집중적으로 판단하는 것이고, 같은 항 제4호의 사유(이 사유로 행정처분을 할 경우에는 연구개발을 성실하게 수행하였다고 하여 참여제한 기간 및 환수액을 감면할 수 있는 법률의 규정이 없으므로, 성실성검증평가도 하지 않는다)에 대하여는 이 사건 출연금이 사용용도에 적합하게 사용되었는지 여부에 대해서까지 면밀한 검토가 이루어졌다고 볼 수 없다.

4.    판결 – 성실수행의 용도외사용 사업비 환수처분은 적법 BUT 3년 참여제한 처분은 지나치게 가혹, 위법

(1)   원고가 출연금을 적극적으로 횡령하거나 과제와 전혀 무관한 다른 용도로 전용한 것이 아니라, 과제와 관련된 재료를 구입하는 데에 사용하기는 하였으나 그 구입한 재료가 과제 수행에 사용되지 않아서 결과적으로 사용용도 외로 사용하게 된 것으로 보이고, 피고 역시 원고에게 사업비 부정사용의 고의가 있었던 것으로는 보이지 않는다고 평가하고 있다. 여기에다가 원고는 이 사건 과제에 대한 성실성검증평가 결과 성실수행 판정까지 받았다. 원고는 처분 이전에 피고에게 출연금을 반환하겠다는 의사를 적극적으로 피력하였다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 원고에 대한 비난 가능성이 높지 않다.

(2)   행정기본법 제18조와 제19조는, 위법 또는 부당한 처분의 취소나 적법한 처분의 철회 시에 그로 인하여 당사자가 입게 될 불이익을 그로 인하여 달성되는 공익과 비교ㆍ교량하도록 규정하고 있는데, 이는 기존의 처분이 유지될 것을 전제로 법률적, 경제적, 사회적 관계를 형성해 온 당사자에게 갑작스러운 처분의 취소 또는 철회로 인하여 불측의 손해가 발생할 우려가 있기 때문에 이를 최소화하기 위하여 특별히 둔 규정이다.

(3)   이 사건에서 원고는 피고로부터 이미 성실수행 판정을 받아 ’참여제한 및 출연금 환수 조치가 면제된다‘는 통지를 받았는데, 그로부터 1년이 지난 후에 갑작스럽게 이 사건 처분을 받게 되었는바, 이로 인하여 원고에게 불측의 손해가 발생할 우려가 있을 뿐만 아니라 원고로서는 그 사이에 소명자료가 산일됨으로써 이 사건 처분에 대한 제대로 된 방어권을 행사하기 어려웠을 수도 있다.

(4)   중소기업인 원고는 이 사건 참여제한 처분으로 인하여 3년이라는 긴 기간 기술혁신 촉진 지원사업에 참여하지 못함에 따라 중대한 손해를 입게 될 것으로 보인다. 중소기업의 기술경쟁력을 강화하기 위하여 시혜적으로 지급되는 중소기업기술혁신법 제10조에 따른 출연금이 그 목적과 용도에 따라 적정하게 지출되도록 할 공익을 감안하더라도 이 사건 참여제한 처분으로 달성할 공익이 원고가 입게 될 불이익에 비하여 크다고 할 수도 없다.

(5)   결론: 이 사건 처분 중 출연금 환수 처분은 처분사유가 인정되어 적법하고, 참여제한 처분은 재량권을 일탈·남용하여 위법하므로 취소하여야 한다

첨부: 대전지방법원 2025. 2. 13. 선고 2024구합200112 판결

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-      간접비의 개념: 연구개발과제 수행기관이 연구개발과제를 수행하는 데에 공통적으로 들지만 개별 연구개발과제에서 직접 산출할 수 없는 비용

-      직접비와 간접비의 구별 기준: 지원인력 인건비에서 개별 연구과제에 직접 참여하는 인력에게 지급되는 인건비 - 직접비 vs 개별 연구과제가 아니라 연구개발 전반을 지원하여 연구가 원할하게 수행될 수 있도록 하는 인력에게 지급되는 인건비 – 간접비

보조지원인력의 인건비를 간접비로 집행한 사안에서 전문기관에서 연구비 및 사업비의 부당집행, 비용 불인정 결정 후 정산금 반환통지를 함. 연구기관에서 불복한 행정소송: 수원지방법원 2018. 4. 5. 선고 2017구합64249 판결

쟁점: 보조지원인력에 지급한 외부 인건비를 주관기관에서 직접비로 지출한 상황에서 전문기관에서 간접비에 해당하므로 부당집행으로 불인정 통지, 반환명령, 정산대상으로 주장

사안의 개요

(1)   전문기관의 입장 – 보조지원인력에 지급한 외부 인건비는 간접비 vs 주관연구기관에서 직접비로 지급한 총 4억2천만원 불인정 통지

(2)   주관기관의 소명자료 제출 후 전문기관은 최종적으로 약 3억4천만원을 비용 불인정금액으로 통지

(3)   감사원 감사 – 주관기관에서 집행한 인건비 중 지원인력 7명 인건비 총 1억1천만원은 간접비 성질, 회수 및 개선방안 등 조치 필요하다는 결과 보고서

(4)   주관기관에서는 감사원 감사결과에 따라 1억1천만원을 전문기관에 반환함. 그러나 나머지 외부인건비 지급액은 직접비로 집행한 것이 정당하다고 주장하고 반환 거부함  

(5)   전문기관에서 주관기관에 대해 비용 불인정한 나머지 약 2억3천만원에 대해 정산금 청구소송 제기함

법원의 판결요지 – 간접비 해당, 주관기관 승소, 전문기관 패소

입증책임 관련

원고는, 이 사건 정산금이 간접비로 집행되었어야 할 인건비임에도 부당하게 직접비로 집행된 돈이라는 것을 전제로 관계 법령 또는 이 사건 과제협약 등에 근거하여 그 반환을 청구할 권리가 있다고 주장한다. 따라서 이 사건 정산금이 직접비로 집행하는 것이 허용될 수 없는 성질의 인건비인지 여부가 원고의 청구권 존부를 좌우하는 이 사건의 쟁점이 된다.

직접비로 집행하여야 할 인건비를 간접비로 집행하여 연구개발비를 부당하게 집행하였다는 사실은 원고가 주장하는 관계 법령 또는 이 사건 과제협약에 근거한 청구권의 발생요건에 해당하므로, 그러한 사실이 존재한다는 점에 관하여는 원고가 증명할 책임을 부담한다고 봄이 타당하다.

원고의 예비적 청구원인인 부당이득반환청구의 경우에도, 이 사건과 같이 당사자 일방이 자신의 의사에 따라 일정한 급부를 한 다음 급부가 법률상 원인 없음을 이유로 반환을 청구하는 이른바 급부부당이득의 경우에는 법률상 원인이 없다는 점에 대한 증명책임은 부당이득반환을 주장하는 원고에게 있다(대법원 2018. 1. 24. 선고 2017다37324 판결 참조).

구체적 사안의 판단

이 사건 기준에서는 ‘해당 연구개발과제에 직접 참여’한 연구원에게 지급하는 인건비가 직접비에 해당한다고 규정되어 있는 반면, 간접비의 일종인 지원인력 인건비는 연구개발에 필요한 장비운영이나 연구책임자의 연구비 정산 등을 ‘지원하기 위한’ 인력의 인건비로 규정되어 있다.

위 관계 법령의 문언에 의하면, 인건비 중 ‘개별연구개발과제에 직접 참여’하여 연구를 수행한 인력에게 지급된 인건비는 직접비에 해당하고, ‘연구개발 전반을 지원’함으로써 원활하게 연구가 수행될 수 있도록 하는 인력에게 지급된 인건비는 간접비에 해당한다고 봄이 타당하다.

이 사건 정산금이 인건비로 집행된 인력들은 이 사건 과제협약에 따른 연구개발을 주로 수행한 광역도시철도연구본부 산하 ‘무선통신열차제어 연구단TFT’에 소속되어 연구를 위한 출장, 회의 또는 학술대회 참석, 논문 저술 등의 형태로 연구개발 활동에 실질적으로 참여하였다.

원고는 직접비로 집행될 수 있는 인건비의 범위가 넓게 인정될 경우 그에 상응하여 연구기관이 자유롭게 집행할 수 있는 간접비 액수가 확대되는 결과가 초래되므로, 단순히 개별 연구개발과제에 참여한 것에서 나아가 ‘연구개발과제의 내용에 영향을 미칠 수 있는 업무’에 참여한 인력의 경우에 한하여 그 인건비를 직접비로 집행할 수 있는 것으로 이 사건 기준을 해석하여야 한다고 주장한다.

그러나 이 사건 기준의 문언에서 원고가 주장하는 위 요건이 도출된다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 그 해당 여부를 판단하는 기준도 명확하지 않고, 연구개발과제의 내용에 영향을 미치지 못하였다는 별개의 사정에 의하여 직접비 해당 여부가 좌우되는 불합리가 발생할 우려가 있으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

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1.    부패방지법 시행령 보상금 지급 규정

(1)  시행령 제77조(보상금의 산정기준)

① 보상금의 산정기준은 별표 2와 같다. 다만, 다음 각 호의 사유를 고려하여 보상금 지급금액을 감액하거나 보상금을 지급하지 않을 수 있다.

1. 신고 내용의 정확성이나 증거자료의 신빙성, 2. 신고한 부패행위가 신문ㆍ방송 등 언론매체에 의하여 이미 공개된 것인지 여부, 3. 신고자가 신고와 관련한 불법행위를 하였는지 여부, 4. 신고자가 부패행위의 제거 및 예방 등에 이바지한 정도, 5. 신고자가 관계 행정기관등에 신고할 의무를 가졌는지 또는 직무와 관련하여 신고를 하였는지 여부

② 보상금의 지급한도액은 30억원으로 하고, 산정된 보상금의 천원 단위 미만은 이를 지급하지 아니한다. ③ 개별 부패행위로 인하여 산정된 보상금이 30만원 이하인 경우에는 보상금을 지급하지 않는다.

(2)  보상금 산정기준

2.    국가연구과제 연구비부정 관련 보상금 지급 사례

(1)    대학교 LINC 과제 산학협력업체의 연구비 회계부정

A.      산학협력업체에서 여러 정부과제를 수행하면서 세금계산서와 거래명세서를 허위로 작성하여 연구비 부정사용, 횡령 의혹 신고

B.      심사결과 연구개발비 5억7,916만원 환수 결정

C.      국민권익위 2019-386 의결 - (부패신고)「정부 연구용역 수탁업체의 연구비 편취 의혹」 건 관련 보상금 신청 건

D.     보상금 결정 - 신고자에게 약 1억9천2백만원 보상금 지급 결정

(2)    국책과제 수행에 기성제품 활용 사안

A.      국가과제 수행 업체에서 이미 개발되어 있는 제품을 신규로 개발하는 것처럼 속이는 방법으로 연구개발비 지원금을 부정 수급한 의혹 신고

B.      조사 결과 - 4억 7,329여만원 환수 처분

C.      보상금 결정 – 신고자에게 8700만원 보상금 지급 결정

(3)    참여연구원 허위등록, 자재비 허위 사안

A.      국가연구개발과제를 수행하면서 직원을 허위 채용하거나, 실물거래 없이 자재비를 송금한 후 거래업체로부터 다시 되돌려 받는 등의 방법으로 정부지원 연구개발비를 부정수급한 의혹이 있다고 신고

B.      해당업체에 정부지원금 14억 6,780여 만원 환수 처분

C.      국민권익위 2020-157 의결 – 신고자에게 보상금 197,600,000원 지급 결정

(4)    국책과제에 개발완료 제품 활용

A.      국가과제 수행 업체에서 이미 개발되어 판매 중인 제품을 마치 신규 개발할 것처럼 속이고, 연구개발비 수천만원을 부정하게 편취한 의혹이 있다고 위원회에 신고함.

B.      조사결과 – 연구개발비 9,498만여원 환수 처분

C.      보상금 결정 – 신고자에게 28,494,000원 보상금 지급 결정

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