1. 배경기술 – cffDNA 측정

 

최근 산모의 연령이 증가함에 따라 태아의 염색체 이상 확률이 증가하고 있음을 고려하여 임신이후 산전검사로서 cffDNA 측정이 활발히 이루어지고 있습니다.

 

무세포 태아 DNA(cell-free fetal DNA, cffDNA)측정이란 모체 내의 태아의 DNA를 비침습적 방법으로 측정하는 것을 의미합니다. cffDNA의 주된 목적은 복중 태아에 대하여 비침습적으로 선천적 유전형(성별, 혈액형, 유전적 질병)등을 확인함에 있습니다. 이러한 목적에는 염색체의 배수성 여부를 측정하여 이수배수체((異數倍數體, Aneuploidy)여부를 확인하는 것이 대표적 입니다.

 

이미 잘 아시는 바와 같이, 사람의 염색체는 23개의 염색체가 각각 2copy의 쌍으로 존재하여 배수체를 이루고 있습니다. 이러한 염색체의 배수성이 무너지는 경우를 이수배수체라고 하며, 이수배수체는 유전적 질병과 직결됩니다.

 

이수배수체의 예로는 21번 염색체의 삼염색체에 해당하는 다운증후군, 성염색체 중 X염색체가 단수로 존재하는 터너증후군, 18번 염색체가 삼염색체로 존재하는 에드워드 증후군 및 13번 염색체의 삼염색체에 해당하는 파타우 증후군 등이 대표적입니다.

 

cffDNA 측정 방식은 태반을 통하여 태아의 DNA가 모체에 전달되어 모체의 조직, 특히 혈액 내부에 존재하고 있음에 착안하여 모체의 혈액 내 태아 DNA를 증폭하는 방식을 이용하는 것입니다. 이는 자궁 내의 태아에 대한 직접적인 접촉을 배제하고 임신의 초기단계에서 태아 염색체의 이수배수성을 확인하여 부모에게 태아의 유전적 질병을 고지할 수 있는 효과적인 방법입니다.

 

2. 분쟁경과

 

cffDNA 측정 기술은 모체의 조직, 특히 혈액에 포함된 특정 염색체의 카피가 하나 더 있거나 혹은 모자란 상태인 염색체의 이수배수체 여부를 확인하기 위하여 널리 사용되는 기술입니다. 홍콩대의 Dennis Lo교수가 1996cffDNA를 처음 발견하였습니다. 반면, 스탠포드 대학의 Stephen Quake 교수는 2006년 법원이 “Digital Analysis”라고 명명한 염색체의 숫자의 작은 변화를 감지할 수 있는 새로운 기술을 개발하였습니다.

 

Quake 교수의 기술은 2007. 2. 2. 출원 당시 (1) 모체 조직 샘플(특히 혈액)을 취득하여, (2) 해당 샘플의 단일 DNA 분자를 분리된 반응 샘플들에 적용하여 (3) 수많은 적응 샘플들의 DNA 중에서 타겟 서열의 존재를 측정하고, (4) 이를 통해 부계와 모계의 타겟 서열의 측정을 정량적 분석하는 단계로 이루어진 청구항 1을 포함하고 있었습니다(미국 특허 제7,888,017(‘017특허)). 또한 발명의 실시를 위해서 “2세대 대량 평행 시퀀싱(Second generation massively parallel sequencing(MPS))” 방법과 염색체 DNAPCR 증폭이 사용됩니다. 이후 2009. 2. 계속출원을 통하여 미국 특허 제8,008,018(‘018특허)를 등록하였습니다. 이후 Quake 교수는 타겟 서열을 포함하는 청구항을 모두 삭제하고 태아와 모체의 유전자 DNA 혼합에서 무작위 선정된 DNA 조각들의 MPS를 사용하는 방법으로 변경하였습니다.

 

반면, Lo 교수의 발명은 각 염색체 특이적 부분 DNA 서열을 측정하기 위하여 참고 인간 유전체에 서열 조정을 한 이후 cffDNA의 무작위 시퀀싱(random sequencing)이며 이때에 Quake 교수의 특허들과 명세서에 같이 MPS방법을 사용합니다. , 각 염색체의 이수성은 다른 염책체에 비교하여 특정 염색체에 조정된 DNA조각의 증가된 발견 횟수로 특정되는 것입니다. 이는 미국 특허 출원번호 12/178,181 (181출원)등으로 출원 중에 있습니다.

 

홍콩대학은 스탠포드의 ‘018특허가 35 U.S.C§ 112(a)상세한 설명을 만족하지 못하여 무효라고 주장하였습니다. Lo교수는 Quake 교수가 현재 계류중인 181출원의 청구항을 복사한 것이라고 주장하였습니다. 이에 대하여 미국 특허청 PTAB은 홍콩대학의 주장을 인용하여 스탠포드 대학의 특허에 대하여 무효결정을 하였습니다. 스탠포드 대학은 무효결정에 대하여 항소하였습니다.

 

3. CAFC 판결요지

 

Roche 454 플랫폼(1세대 시퀀싱 장치)에 대한 참고자료는 실제로 Quake 교수의 명세서상 참고자료에 해당하는 Illumina 플랫폼(2세대 시퀀싱 장치)에 대한 것이 아니라고 지적했습니다. 또한 법원은 결정과정에서 Roche 454 플랫폼을 사용한 타겟 시퀀싱과 Illumina 플랫폼을 사용한 타겟 시퀀싱의 관련성에 대한 아무런 증거를 제시하지 않았으며, Roche 454 플랫폼에 대한 참고자료의 증거로서 설득력에 대하여 아무런 설명없이 결정에 이르렀다고 판단하였습니다.

 

법원은 ‘018 특허의 명세서 기재에 타겟 MPS가 배제되지 아니하였다는 판단에 대하여 동일한 설명으로 무작위 시퀀싱과 타겟 시퀀싱이 모두 공개될 수 있다는 사실을 간과한 것이라고 판단하였습니다. ‘018 특허의 명세서가 타겟 시퀀싱을 기재하고 있는 것이라면, 이는 무작위 시퀀싱에 대하여도 공개하는 것이거나, 혹은 무작위 시퀀싱과 타겟 시퀀싱 모두를 공개하는 것에 해당한다는 것입니다. ‘018 특허의 추후 청구항에 의한 추가 기재가 무작위 MPS을 공개하는지 여부를 결정하여야 하는 것이지, 타겟 MPS가 배제되지 않는지 여부를 결정하는 것이 아니라는 것입니다.

 

위와 같은 이유로 CAFC 판결PTAB 결정을 파기환송하였습니다.

 

김명환 변호사

 

 

 

작성일시 : 2017.07.11 07:00
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